Eesti Gaidide Liidu juhatus on 12.03.2017 seisuga seitsmeliikmeline, koosseisus peagaid, programmijuht, koolitusjuht, välissekretär, kommunikatsioonijuht, majandusjuht ja liikmeskonna koordinaator. Igapäevaste küsimustega tegeleb organisatsiooni tegevjuht.